J'ai pas suivi en détail ta config et ta quantité de données, mais perso, je ferai :
0- sauvegarde de tes données sur support externe
1- formatage en hfs+ de ton SSD depuis l'utilitaire de disques Mac
2- suppression de tes données perso de ton disque interne
3- clonage de ta partition interne vers ton SSD externe
4- débranchage du SSD
5- clean install de Sierra sur le HDD interne pour voir ce que ça donne et si tes problèmes sont résolus
6- au pire, si ça merde, restauration de ton clone de ton système actuel sur l'interne, et tu reviens comme à l'origine.